BRs medlemsföretag är organiserade i regionala läns- och kretsföreningar, så kallade Bussbranschföreningar, som arbetar som det centrala förbundets förlängda arm och som driver frågor av lokal karaktär för medlemsföretagen inom respektive region. Idag finns 11 Bussbranschföreningar. Föreningarna samlas vid årsstämmor, förbundsråd och ordförandesamråd för att besluta om frågor som rör förbundets verksamhet.

Medlemsskap i BR förutsätter medlemsskap i en Bussbranschförening och vice versa.